Al sur de la ciudad de Puerto Vallarta existe el Museo del Cuale, perteneciente al Instituto Nacional de Antropología e Historia, situado precisamente en la Isla del Río Cuale, zona declarada Patrimonio de Puerto Vallarta.  Se trata de un pequeño sitio cuya misión es dar a conocer a los visitantes los objetos que los asentamientos humanos de diversas culturas han dejado en la zona desde el año cinco mil antes de Cristo.

Además de sus dos salas principales, el museo cuenta con una exposición permanente de artes, objetos y tumbas de distintos momentos de la historia, que se complementan con indumentaria tradicional, cerámicas y metales más recientes dejados en la zona por grupos asentados en el occidente de la República Mexicana. La colección, dedicada a mostrar la historia precolombina de la zona, aún desde los tiempos de poblaciones nómadas, puede verse de martes a sábado.

En otra temática, el Museo  Histórico Naval de Puerto Vallarta narra la historia del puerto, y da cuenta del pasado de la ciudad con relatos sobre las Nao que llegaron de China, las expediciones en altamar, el comercio con otros puertos y hasta la defensa de la bahía en tiempos de guerra.